سابقه ی آموزش عالی در ایران به زمان های بسیار قدیم باز می گردد، به گونه ای که تاریخ نگاران کهنسال ترین دانشگاه جهان را «جندی شاپور» معرفی می کنند. این دانشگاه که در دوران قبل از اسلام به وجود آمد و شهرت جهانی یافت و به شاهپور اول – پادشاه ساسانی – منسوب بوده، از قرن چهارم تا دهم میلادی تداوم داشته است. دانشگاه جندی شاپور یا گندی شاپور از لحاظ آموزش و تحقیق در فلسفه و طب شهرت داشت. این دانشگاه دامنهء علوم آن روز را وسعت بخشید و با تلفیق نکات مثبت از روش های یونانی و هندی، قوانینی وضع کرد که در دنیای آن روز روش نوین علم پزشکی بود.

 با ظهور اسلام و توسعه ی معارف اسلامی، این مرکز بزرگ علمی به تدریج اهمیت و اعتبار خود را از دست داد تا آنکه در حدود قرن پنجم هجری، خواجه نظام الملک (ابوعلی حسن بن اسحق) به ترویج علم و هنر و تأسیس مدارس عالی همت گمارد. او در سال 485 هجری، ساختمان نظامیه ی بغداد را آغاز کرد و در شهرهای دیگر ایران نیز – از قبیل نیشابور، بلخ، هرات، آمل، اصفهان و ...—دست به تأسیس مدارس عالی موسوم به «نظامیه» زد، که مهمترین و معروف ترین آنها مدارس بیهقیه و سعیدیه بود و مواد درسی آن شامل فقه، حدیث، تفسیر، علم حساب و پزشکی می شد. در دوره ی صفویان، موجبات وحدت ملی، از طریق وحدت در عقاید مذهبی فراهم آمد و مدارس عالی دینی به منظور تربیت مبلغان مذهب جعفری و معلمانی که بتوانند فرایض دینی را به کودکان و جوانان بیاموزند و آنان را به آداب تشیع آشنا کنند، بنیان گذاری شد. در مدارس عالی دوره ی صفوی، طلاب علوم دینی به تحصیل فقه، اصول، معانی و بیان، علم کلام و شرعیات اشتغال داشتند.

هسته ی اولیه ی تعلیمات عالیه ی نوین در ایران با ایجاد مدرسه ی دارالفنون شکل گرفت. در سال 1266 ه . ق میرزا تقی خان امیرکبیر در گوشه ای از ارگ تهران بنای مدرسه ای را به سبک مدارس عالیه ی اروپا شروع کرد و آن را دارالفنون نامید. قبل از تاسیس دانشگاه تهران ، مراکز علمی به صورت پراکنده و جدا از یکدیگر قرار داشتند ، اما بعدها به منظور تمرکز مدارس عالی در یک محدوده معین و برای آنکه تعلیمات عالیه در ایران بر پایه اساسی استوار گردد و امور آموزشی و علمی مدارس عالیه تحت نظم و تربیت معینی درآید ، تأسیس دانشگاه تهران درخرداد ماه 1313 به تصویب مجلس رسید .

پس از پیروزی انقلاب اسلامی در اردیبهشت 1359 لایحه قانونی تشكیل شورای عالی فرهنگ و آموزش عالی به تصویب شورای انقلاب رسید و به دنبال آن به منظور ایجاد تحولی اساسی در دانشگاهها و به درخواست دانشجویان مسلمان و انقلابی ستادی با عنوان ستاد انقلاب فرهنگی با فرمان امام خمینی (ره) تشكیل شد كه این ستاد بزرگترین نقش را در سیاستگذاری فرهنگی و آموزشی كشور به عهده گرفت. در مرداد 1364 با تصویب قانون " تشكیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكی"، كلیه اختیارات، وظایف و مسوولیتهای وزارت فرهنگ و آموزش عالی در آموزش پزشكی به وزارتخانه جدید انتقال یافت. وزارت فرهنگ و آموزش عالی در تاریخ 3/2/1379 به منظور انسجام بخشیدن به امور اجرایی و سیاستگذاری نظام علمی كشور، به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تغییر نام داد و وظایف برنامه ریزی، حمایت و پشتیبانی، ارزیابی و نظارت، بررسی و تدوین سیاستها و اولویتهای راهبردی در حوزه های تحقیقات و فناوری به وظایف وزارتخانه مذكور افزوده شد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی تحولات عمده ای در آموزش عالی ایران ایجاد گردید و تعداد دانشگاهها و دانشجویان چند برابر گردید. به طور کلی می بایست تاریخ آموزش عالی پس از انقلاب اسلامی را به سه دوره مجزی تقسیم بندی کرد.

دورة اول: این دوره با پیام نوروزی امام خمینی)ره( در سال 1359 آغاز می شود. ایشان در آن پیام بر ضرورت ایجاد انقلاب اسلامی در دانشگاهها ، تصفیه استادان وابسته به شرق و غرب و تبدیل دانشگاه به محیطی سالم تصریح كردند . وزیر وقت فرهنگ و آموزش عالی وقت نیز بر دگرگونی آموزش عالی و دانشگاه ها به صورت كامل تأكید داشت. به هر صورت، با توجه به پیام امام و نظر مسئولان عالی انقلاب و شرایط موجود در دانشگاه ها و درخواست شدید دانشجویان انقلابی، دانشگاه ها تعطیل شد و ستاد انقلاب فرهنگی برای بررسی مشكلات و تغییر برنامه ها و تطبیق آن ها با اهداف انقلاب اسلامی و بازسازی آموزش عالی به وجود آمد.

دورة دوم: در این دوره برای احیای مجدد آموزش عالی و سازش دادن برنامه و كار و مدیریت و ... با اهداف انقلاب، كاهش وضع آموزش عالی در ابعاد گوناگون زیر را شاهدیم:

1. كاهش مراكز آموزشی؛

2. كاهش پذیرش دانشجو؛

3. كاهش اعزام دانشجو به خارج از كشور؛

4. كاهش استاد؛

5. تعطیلی آموزش از راه دور؛

6. كاهش بودجه.

دورة سوم: این دوره به افزایش مراكز آموزش عالی و دانشگاه ها معروف است. در دورة سوم تحول آموزش عالی، آموزش از راه دور یا نیمه حضوری در قلمرو وسیع و متنوعی از كشور از جمله استان های محروم و شهرهای كوچك گسترش یافت. در كنار این مسئله دوره های شبانة دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی كشور شكل گرفت و عدة قابل ملاحظه ای دانشجو در رشته های شبانه پذیرفته شدند. دانشگاه آزاد نیز رونق پیدا کرد و دانشگاه پیام نور ایجاد شد و بنابراین تعداد دانشگاهها و دانشجویان به یکباره چندبرابر گردید. بدین ترتیب و طبق گفته مدیرکل گسترش آموزش عالی ایران تا سال 1390 تعداد دانشگاهها و مراکز آموزش عالی ایران به قرار زیر افزایش پیدا کرد.